目前，港口、碼頭等海運設施也作為構建物流一體化中的戰略環節,從港口的職能到業務都受到交通的運輸部和地方政府的雙重行政體制的管理。我國的港口、碼頭等基礎設施理和管理體制的模式以及對資源所配置的調控方式與手段上都不可避免地存在著行政色彩，這與海運經營業所接受的機制來調節資源配置存在差異，即前者繼續接受國家職能的管理與控制，而后者接受市場調節。
構體制改革的大方向問題（大的方面涵蓋整個運輸行業),想一想，只有這個問題解決好了，才能夠使其進一步的貫徹航企走出去發展的戰略，從而使我國航企航運業務和物流業務經營覆蓋的范圍能是全球，使其在全球不同區域的業務流程環節獲得整合。港航分類治理：制度化治理機制問題是成為當前世界航運企業提升核心競爭力的戰略手段。我國一旦推動港口與航運經營業聯合而治，或者航企將港口納入一個治理體系將暴露出很多問題。這種自然資源壟斷產業交給誰都有“腐敗”的嫌疑，這種獨占性準公共產權的賦予無疑在行政環節中會產生不可想象的“尋租”成本。就像城鎮化道路與城市發展規劃中，某些房地產企業在“拆遷”中獲得了執行規劃建設的法定行政權利一樣，問題就產生了！
如果行業法定制度不明確，產權對于行政的干預權利和市場交易獲得的占有等權利的范疇界定不清晰，協調機制不合理，法定原則不明確，那么，是很難具有可行性的。有些專家或許會說，無所謂行政治理還是市場化管理，達到目的就可以了。但是，法制不應以犧牲公眾利益為目的，這兩種針對港口與航運經營管理與調節機制的組合如何能優勝劣汰，目前只有特權下授予少數企業，但又為何不能為廣大競爭者公平獲得，通過公平競爭來完成?一旦形成“尋租”或“特別授權”的企業，能否保證其國內獲得“特權”海外也一樣獲得“特權”，能否在世界市場競爭中獲得成功？抑或是只會從某些“拆遷”中獲得利益?但是，一旦都接受市場機制調節，抑或是將兩者同時納入一個統一體內，不管哪一種，機制發揮所要求的前提將更加明確、細致與具體。這需要建立在主體獨立、權責明確基礎上的探討機制，且由此產生的各項內容需要有一個法制的統一遵循的監控，制衡和在、測度的方式。方便企業在經營的時候能有一個準則。這是我們國家海運體制下留下的一塊硬傷。
