由于對不同的運輸方式實行分別設立獨立機構進行管理的管理體制，中歐鐵路運輸、公路運輸、水上運輸、管道運輸和美國航空運輸五種運輸方式由四個行政級別平行的部級機構管理，同時，各種運輸方式之間存在差異性，因此，它們的改革進度也就各不相同。交通部主管之下的公路運輸和水上運輸是運輸領域中的改革先鋒，FBA航空運輸、中歐鐵路運輸和管道運輸隨后跟進。
改革開放以后，海洋運輸仍然是國際貿易運輸的主渠道，它的地位和影響隨著中國對外貿易的迅猛發展而日益突出，使它成為運輸改革先鋒隊中的“排頭兵”。計劃經濟體制下，FBA海運企業主要歸屬交通部和外貿部管理，交通部管理的海運企業占絕大部分，中國遠洋運輸公司專營遠洋運輸業務，與交通部的遠洋運輸管理局合二為一；廣州海運局和上海海運局是南北兩個航區的職能部門，負責沿海運輸和港口管理，同時也是交通部直屬的沿海運輸企業。
外貿部是除交通部之外唯一一個經營運輸業務的中央部門，FBA運輸是開展是一個重要環節，因FBA運輸的重要性外貿部設立運輸局和中國對外貿易運輸公司，同樣實行政企合一。政企合一是計劃經濟體制的產物，企業沒有自主權，聽命于政府，成為政府的附屬物。進人改革開放時期，企業成為市場主體必然要求提高自主權，政企合一的模式也就必將要打破。FBA海運體制改革的第一步就是處理好政府與企業的關系，實行政企分開，將政企合一的海運機構分解為海運行政管理機構和海運企業，實現政府與企業的職能分開，減少政府對FBA海運企業經營的干預。在港口企業方面。政企分開的改革取得立竿見影的效果，該港貨物吞吐量1984年完成4016.7萬噸，比1983年增長14.1%；1985年完成4381萬噸，又比1984年增長9.1%。
對局屬各生產、服務單位，按照專業化協作的原則，進行適當的聯合和改組，成立專業國際貨代公司.自1984年，上海港相繼組成2個集裝箱公司，煤炭裝卸公司和木材裝卸公司，并在煤炭裝卸公司進行以“進出噸煤工資含量包干”為主要內容的綜合配套（管理體制、領導制度、干部人事制度、內部分配制度等）改革試點。這些改革試點，都收到較好的效果，其中煤炭裝卸公司的一些改革措施受到國家計委、國家經委等有關部門的重視。1985年10月交通部在上海召開會議向沿海港口推廣了他們的經驗。貨代企業向獨立的市場主體過渡，政企分開就是要給企業松綁擴權，把所有應當屬于企業的經營自主權全部還給貨代企業。
