面對港口管理體制改革問題，提出了新的設想和要求，并確定上海、大連兩港權力下放給上海港帶來明顯的效果。上海市政府更加重視和支持港口工作，專門制定了市長港口辦公會議制度，定期到港口現場聽取匯報，解決生產經營和建設中的重大問題，并在制定港口地方立法工作中給予有力的支持。
上海市政府批準頒布了《上海港口管理暫行辦法》等一批法規，編制了上海港總體布局規劃，使港政管理和行業管理逐步走上了依法治港的軌道。在天津港改革成功之后，交通部逐漸在全國沿海港口推廣改革，大連港和上海港作為第一批在1986年進行；1987年1月，第二批下放的港口有黃埔港、南通港、連云港、煙臺港和青島港；第三批下放的港口石白港、營口港、汕頭港、海南港、湛江港和寧波港于1987年12月進行。
至此，以簡政放權為目標的港口管理體制改革已基本完成。改革后的交通部管理權力收縮，保留三個主要權限：第一，港口規劃、年吞吐計劃和限額以上基建項目的審批；第二，搞好港口運輸的“兩級平衡，集中管理”和調度指揮；第三，統一制定港口建設和管理的方針、政策、法規和制度。交通部在放權的同時也逐漸建立起行業宏觀管理的新體系。
這一輪港口管理體制的改革同時改變了航管港的傳統，中國航管港的格局是從1954年后形成的，港口下放地方后，不再受航運部門的管轄，反而地方港務局權限擴大逐漸把地方的航運管理納人其范圍，形成港管航的新格局。因此，港政的改革必然帶動航政的改革，航政也跟隨港政的下放而下放。
