中國加入世界貿易組織之后，跨境海運物流經濟市場化程度明顯加深，市場對航運資源的配置發揮更加重要的作用。
航運資源超越國界在國際市場中進行配置：第一，中國-美國海運運力更多地參與中外之間的運輸以及第三國之間的運輸，中國運力受本國之外的FBA海運市場需求的影響越來越大；第二，更多的亞馬遜頭程運力參與中外之間的運輸，中國的跨境物流海運市場需求對國外運力的影響越來越大。
2008年，世界金融危機爆發，呼吁政府干預成為亞馬遜頭程海運業界熱議的問題，再度倡導國貨國運的政策。在世界經濟貿易繁榮，尤其是美國海運需求旺盛的背景下，中國海運企業的規模不斷壯大。中國遠洋運輸（集團）總公司和中國海運(集團)總公司是中國規模最大的兩家海運企業，從2002年至2008年，企業的運力規模迅速擴大，中國遠洋運輸（集團）總公司從2002年的1877萬載重噸增長到2008年的5321萬載重噸，增長1.8倍；中國海運（集團）總公司從2002年的843.91萬載重噸增長到2008年的1798萬載重噸，增長1.1倍。好景不長，2008年世界金融危機爆發，世界經濟衰退，國際貿易蕭條，跨境海運遭受嚴重沖擊。
2011年，世界經濟再度下滑，國際物流市場出現“二次探底”。海運業成為金融危機以來受到嚴重沖擊的行業之一，海運資源出現大量過剩。2011年，中國A股10大虧損企業中，海運類企業占4個，中小型海運企業更是紛紛破產，跨境物流海運業面臨1949年以來最為嚴峻的形勢。2011年，國內航運企業大概有70%處于虧損狀態，2012年這個數字超過了80%。2012年2月2日，波羅的海綜合運價指數（BDI）跌至651點，創下26年來的最低點，海運市場整體低迷不斷加劇。各亞馬遜海運貨代紛紛在營運上采取合并航線，在技術上采取“加船減速”，在管理上采取臨時封存運力等措施，盡量減少美國海運市場上有效運力的增長，但是難以改變運力總體過剩的局面。2008年前三季度，中國亞馬遜海運企業都能實現盈利，但是到了2009年，同比均大幅下降，其中中海集運竟然下降1354%，效益下降幅度最大，下降幅度最小的招商輪船也達到74%。中國遠洋運輸(集團)總公司是在金融危機中損失最為嚴重的中國海運企業。
2007年，中國遠洋運輸(集團)總公司傾力打造資本平臺——中國遠洋。融資過千億的中國遠洋頻繁“觸礁”，業績慘不忍睹，三度成為A股“虧損王”。中國遠洋的潰敗是中國海運經濟衰退的縮影。由于國內外亞馬遜海運市場運力過剩，運價連創新低，國內外投資者對海運和造船類上市的公司風險偏好明顯降低。在此背景下，國內海運公司上IPO和再融資基本停滯。
二、政府救市
世界金融危機的蔓延使世界經濟發展明顯減速，國際物流市場蕭條，亞馬遜貨代海運業發展也面臨嚴峻形勢。跨境物流業界不斷呼吁中國政府進行救市，在此后數年的全國兩會上多次提出議案。積極爭取中央和地方人民政府以及有關部門在稅收、財政補貼等方面對水運企業給予支持；積極發展船舶融資租賃，解決水運企業融資難、融資成本高的問題；加強與有關部門的溝通和協調，進一步落實中資方便旗船回國登記政策，提高國輪承運國貨的比例；鼓勵水運企業之間、水運企業與貨主間實行聯合、聯盟、合作經營、互利共贏，建立長期穩定的戰略合作機制；水運行業協會要充分發揮作用，加強行業自律，組織港航企業和水運施工企業，加強溝通和合作，做好市場穩定工作，防止惡性競爭。
政府救市的措施分兩個層次：第一，直接干預運輸資源的配置，如提高國輪承運國貨的比例以及鼓勵亞馬遜貨代企業與貨主間實行聯合、聯盟、合作經營、互利共贏；第二，間接干預運輸資源的配置，如加強運力宏觀調控，嚴格控制新增船舶運力，在稅收、財政補貼等方面對運輸企業給予支持。從實施的效果看，沒有達到救市的目標。政府直接干預運輸資源的配置并沒有采取強制性的方式，只是在宣傳上的鼓勵和倡導。中資方便旗船回國登記政策雖然在推進，但是回國登記的船舶數量較少，試圖通過增加中國籍船舶數量來提高國輪承運國貨的比例似乎只是政府的“一廂情愿”。對于政府鼓勵船主與貨主間實行聯合，船主與貨主都已經是獨立的經濟實體，是否實行聯合都以利益最大化為準則，并沒有完全按照政府的號召作出決策。政府間接干預運輸資源的配置其效力更弱，如運力的宏觀調控沒有真正實施。截至2011年9月20日，已取得交通運輸部批準正在建造或即將建造的油船共367艘、268.87萬載重噸，占已有總運力規模的32%；已取得交通運輸部批準籌建尚未開業的經營主體數量為100家，占現有經營主體的42%。這說明金融危機以后，政府并沒有立即采取干預手段限制運力準入。盡管政府在跨境物流運輸資源配置方面的影響力減弱，但是，在對海洋運輸的行政管理方面的影響在加強。
2009年初，交通運輸部海事局下發《關于采取積極措施幫助航運企業應對金融危機的通知》，要求各級海事管理機構突出服務，深入研究金融危機給中國航運業和水上交通安全帶來的影響，提出具體服務航運企業的措施，真誠幫助和支持航運企業排憂解難，降低金融危機的影響，增強跨境航運企業應對當前困難局面的能力，幫助企業提高效益，主動服務地方經濟社會發展。主要措施有嚴格落實誠信船舶物流的各項優惠政策，加大對老舊船舶的安全檢查力度，加強臨時開放口岸的服務和管理，規范船舶抵押權登記，進一步縮短行政許可辦結時限，嚴格執行國家行政事業性收費規定，加強安全管理體系審核工作，合理規范使用海事行政處罰自由裁量權，營造安全暢通的通航秩序。由于金融危機還沒有觸底，亞馬遜頭程海運企業經營狀況受影響的程度進一步加劇，海運業界要求政府救市的呼聲持續不斷。
2011年，針對國內海運市場形勢，交通運輸部出臺一系列宏觀調控措施。交通運輸部門著力于運力調控。一方面通過嚴格實施老舊船舶強制報廢制度，鼓勵老舊運輸船舶提前淘汰，減少運力存量；另一方面限制運力的新增，對新增運力提出更高的技術要求，實現運力調控和結構優化的雙重目標。新的投資者原則上應以收購現有國內沿海省際化學品、液化氣船舶運輸經營者的方式進入上述市場。交通運輸部根據國內沿海省際化學品、液化氣船舶運輸市場狀況，對申請新增運力經營者在行業內的領先地位等主要資質條件、岸基管理人員和高級船員的配備、船舶的技術水平、營運效率和安全記錄、貨源和資金落實情況等進行綜合評價，符合條件的準予新增運力。這兩項措施都是針對國內沿跨境物流運輸的運力調控，還沒有涉及國際海洋物流的近洋運輸和遠洋運輸。國內沿海運輸市場沒有對外開放，政府有條件實現對航運資源的配置；而對于國際海洋運輸市場，存在國外運力的因素，運力調控需要充分考慮中外力量和利益的博弈，因此對航運資源的配置受到多方面的約束。
引導大型貨主企業以資產為紐帶，與大型骨干航運企業合資設立航運企業；同一貨主企業原則上僅允許合資設立一家由航運企業控股的航運公司，授權中國船東協會對貨主企業船隊運力規模進行合理的控制。但是，對于交通運輸部的干預，貨主企業未必完全遵照執行，它們越來越傾向于成立自己的船隊，以此在市場波動時降低風險。例如上海寶鋼仍舊與香港金山公司（GoldPeak）共同合資組建的自有船隊計劃在2015年前將其由8艘擴大至15艘，神華集團與中海合資組建的自有船隊繼續擴充20艘貨船。
從針對2008年金融危機的政府救市過程看，在該時期政府對跨境物流航運資源配置的方式和影響力發生了很大的變化。政府較少地直接干預運輸資源的配置，更多地實現間接干預，干預的范圍一般局限于船主，即運力的調控，而貨主的經濟行為則在范圍之外，對亞馬遜貨代與貨主之間的關系沒有直接干預。政府對航運資源配置的影響力在下降，凸顯市場在航運資源配置發揮更大的作用。
