特別是行政體制對于按照市場機制形成的綜合物流一體化體系具有制約作用。但是，我們也不可忽視我國將港口作為一種準公共資源執行國家戰略職能的傳統特征。這兩方面的職能對社會經濟發展作用上都各有干秋。但是，如果兩方面職能不能通過一種統一的協調機制加以協調，而通過一種法制安排加以統一，使我國海運業的發展適應世界海運產業發展大趨勢的要求，那么，任何一種職能都將無法實現。我國當前管理體制制約作用主要表現：
（1)港口產權方面的問題我國港口的產權按企業的關系和所有制關系分級管理的模式。港口主管機構既是部門又是經營部門。現行的港口體制滯后于港口市場的發展要求，制約著港航制度化協調機制的建立。
（2)港口行政管理方面，我國各級行政主管部門與地方政府對港口的參與和影響過多，有些方面干擾了港口企業的運營。港口企業缺乏自主權，完全服從于政府的行政權力，海運經營業與港口產業兩者都無法滿足自身戰略的發展需要，更無法滿足港航制度化協調機制建立的條件。
（3)港口法律保障方面存在的問題采取的是漸進的方式，改革的設計只是為了解決某些急迫的問題，缺少長遠的改革戰略。由于缺少長遠的迎接世界海運業競爭的挑戰的目標，時下的體制形成的港口與航運經營業之間協調機制的“斷層”似乎很難通過市場機制來解決。頒布的法操作性和動態適應性不強。立法的基礎與遠景視野相對薄弱，同時政策執行的透明度與法制貫徹效果相對滯后。執法部門間權責不清、責權倒置及交叉的結果是港口產業監控缺乏權威性和統一性。
同時，由于賦予了地方政府在戰略中的諸多行政權利，進一步造成港口重復建設，甚至形成了目前的大量港口閑置現象。各地在海運業立足本國積極參與國際競爭問題上，忽視了我們海運企業如何參與國際競爭。完善且明確法制體系是推進港航建設的必要前提。法律保障上的缺失，使我國港航供應鏈制度化協調機制難以建立起來。
