航運企業將物流體系中構建港航，必須建立一系列的制度化協調機制，以便具體規范雙方在的產權關系、職能與業務關系，以及具體涉及的，包括爭議處置、利益分配、管理體制等方面的內容。港口與航運經營企業之間的制度化協調機制建立的目標有如下幾個方面。
我國海運業歷史上國家壟斷的時間較長：港口與海運經營業之間協調關系上存在諸多“缺口”我國港航運一體化制度化協調體系的構建需要在國情基礎上體現原則，在基礎上培育與構建具有前瞻性與戰略性的航運核心競爭能力。我國海運業歷史上國家壟斷的時間較長，目前還存在著行業管理體制與產業運行中市場協調關系上的諸多“缺口”，這其中存在的體制性、制度化上的因素很多。當前，以三大國有海運企業為核心的我國海洋運輸經營業基本壟斷了我國遠洋運輸的70%以上的業務，但其與國際航企的競爭力差距卻刻不容緩地直接反映到運輸業務經營與我國航運產業整體的協同關系上的。換句話說，當前的國際競爭形式，要使我國海運企業取得優勢，其背后反映的直接背景內容是如何體現我國海運整體產業協同的優勢。這對于海運產業來說是一個體制改革、行業治理及制度創新問題。
海運行業作為戰略產業具有特殊性：國情特點要求從我國海運業制度化創新機制全面規劃第一，構建我國港口與海運經營業之間的制度創新機制。全球綜合物流體系為背景的海運競爭格局的演變趨勢給我們海運體制改革提出要求。如何發揮我國港口在一定制度化環境下寫產業系統關聯的系統機制，是挖掘我國港口體制改革對能力的基礎，也是發揮其巨大潛力的前提。它對構建海運業發展的制度創新機制具有現實意義。第二根據國情特點從我國港口與經濟在微、中、宏觀的關聯上進行框架規劃。我國海洋運輸業機制的構建必然涉及如下幾個層面：首先：制度層面上需要產業發展的戰略部署。其次，產業層面上需要協調政府機構、完成企業發展與相關產業發展；再次，組織層面上需要構建涉及技術轉化、培訓、運行模式、運作機制等方方面面的組織規劃活動。第三，我國海運業的制度創新機制是提升能力的核心。我國海運企業要走出國門，需要在全球范圍內實現國際物流承運人的地位，同時要有能力與全球企業實現并分割國際物流市場。客觀的競爭環境要求我們必須培育我國海運業的制度創新機制與創新模式。
眾多海外航運巨頭登陸我國：培育我國港口與航運經營之間的制度協調機制對國家產業安全具有不可忽視的作用我國與海運談判成功以后，眾多強大的海外航運企業大規模登陸我國，與我國航企開展激烈競爭，一定程度上對我國產業安全造成沖擊。不僅我國海運企業受到沖擊，我國的海運產業及相關產業也都將受到全面沖擊。所以，外資船公司登陸后，培育我國海運業創新機制對國家產業安全具有不可忽視的作用。
構建我國海運業制度創新機制是適應國際物流時代發展的必然選擇，具有現實性與緊迫性。在國際物流時代，我國海運業的發展壯大還面臨著體制的支持問題，建立能夠扶持與支持海運業模式還涉及資金融通、孵化基地以及打破行政分割實現跨行業綜合物流供應鏈規劃等層面因素。
